L'exposition permanente présente un parcours chronologique et thématique constitué de douze séquences qui retrace l'histoire des Juifs de France pendant la Shoah. Cette exposition propose un va-et-vient entre l'histoire individuelle et l'histoire collective. Appuyé sur les archives du centre de documentation, régulièrement enrichi de nouvelles pièces, le musée de la Shoah est accessible à tous les publics. Un parcours spécifique a été conçu pour les enfants, à partir de 8 ans.